STIKes Namira Madina dimulai sejak tahun 2007. Yayasan Perguruan Namira Madina mendirikan Akademi Kebidanan Namira Madina Kotanopan di Kabupaten Mandailing Natal dengan izin operasional pendirian SK No. 168/D/O/2007.

Pada tanggal 11 April 2018 dibuat perubahan bentuk dari Akademi Kebidanan Namira Madina Panyabungan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Namira Madina dengan No. SK 343/KPT/I/2018 sekaligus dengan menambahkan program studi S-1 di bidang Farmasi.